風溼熱是鏈球菌感染引起，首選的根治性藥物是抗生素。除治療鏈球菌感染外，需明確鏈球菌的隱藏部位，常見於扁桃體。一般患者難以觀察到隱藏於扁桃體窩的病變，這時可前往耳鼻喉科，醫生檢查可明確扁桃體窩內有無腫大扁桃體，有時已發生化膿，但患者沒有察覺，所以要尋找感染灶。

如果感染髮生於扁桃體，可以手術切除，根治性藥物首選青黴素類抗生素，但目前對青黴素耐藥的人群較多，可升級治療方案。部分患者1周，甚至1個月才應用長效青黴素，且劑量較低，對於鏈球菌可能出現耐藥，甚至無治療效果。此時可選擇頭孢類抗生素規範治療，一般可有效殺滅鏈球菌並防止風溼熱再次復發。