兒童風溼免疫系統疾病包括200多種疾病，因為每種疾病的性質不同、病因不同，所以預後存在很大差別。比如川崎病、風溼熱，尤其是風溼熱，如果沒有併發心臟炎，用藥物以後，症狀大多數能夠緩解。但有些疾病，如系統性紅斑狼瘡、X-連鎖無丙種球蛋白血癥、黏多糖病，只能用藥物控制症狀，並不是每個疾病都能治好。有些只能用藥物控制患兒的症狀，使患兒儘可能維持正常生活、學習。對於有些疾病，即使用藥物以後，也並不能完全控制症狀。

因為風溼免疫系統疾病的發病原因、發病機理非常複雜，很多疾病到目前為止，都找不出明確的發病原因和發病機理，尤其是一些遺傳代謝性疾病、基因性疾病，因此預後相對就比較差。