腰穿之後發生頭痛，主要還是跟腰穿造成腦脊液減少或腦脊液漏，低顱壓所致。治療要進行臥床休息，去枕平臥，或太高床尾，大量快速靜脈輸注生理鹽水，來快速使腦脊液達到平衡。

最主要的進行腰穿的時候熟練操作，切不可進行多次的反覆，這樣容易造成硬膜多次部位穿破，容易發生併發症。還要進行無菌操作，減少感染的幾率，更能夠有利於保證不是因為腰穿感染而造成頭痛，如果是因為腰穿感染造成腦膜炎刺激症狀，治療起來非常困難。