檢查HPV病毒感染的方法，根據其類型不同而有所不同，常見情況如下：

1、低危型：通常不會在無任何症狀時檢查，在病變時才會檢查，即在病灶處取部分樣本。如外陰、陰道或男性生殖道外存在新生物，此時懷疑為HPV低危型感染導致，可能在病變表面用細而柔軟的刷子，刷取組織進行化驗，化驗結果可表明是否有病毒感染存在；

2、高危型：是常規篩查，可在宮頸部位取材。檢查病毒感染會使用一把較細且柔軟的刷子，在宮頸表面刷取部分脫落細胞，脫落細胞粘到刷子上，並將刷子放在細胞保存液中，然後在顯微鏡下經過相應的化驗，尋找是否有病毒顆粒存在。