醫院感染又稱院內獲得性感染，顧名思義指在醫院內或醫院環境中獲得的感染，通常指病人在入院48小時後出現感染，或在入院期間出現感染但出院後才發病。院內感染可根據感染病原體種類及感染類型進行不同劃分，單純根據病原體感染種類，可分為細菌性感染、病毒性感染和真菌性感染，真菌主要包括念珠菌、黴菌及麴黴菌等。

而細菌性感染又可劃分為革蘭氏陽性菌感染和革蘭氏陰性菌感染，代表性的革蘭氏陽性菌，如葡萄球菌，重點是耐甲氧西林的葡萄球菌，以及耐藥的屎腸球菌和糞腸球菌等。代表性的革蘭氏陰性菌，主要包括耐藥的大腸埃希菌和肺炎克雷伯菌等。院內感染髮生的臨床類型，包括不同的感染部位，主要與患者在住院期間所接受的相關治療有關，如靜脈導管、穿刺或導尿等，都可能增加患者發生院內感染的風險。