女性生殖器結核感染後起病隱匿，臨床表現較多，但是缺乏特異性，易發生漏診或誤診。生殖器結核潛伏期與療程較長，處理不及時常出現生殖器官破壞，造成功能障礙，或病灶向周圍臟器蔓延。患者主要表現為盆腔內包塊、積液，輸卵管粘連、梗阻，子宮腔狹窄、粘連等，患者可出現腹痛、月經稀少、閉經或不孕等。體檢時可發現附件區增厚，可觸及條索狀或不規則包塊，伴腹膜結核時腹部觸診可有柔韌感。

據文獻報道，年輕患者65%-70%伴不孕，50%-55%伴下腹痛，20%-25%伴月經紊亂。老年患者常表現為附件腫塊伴腹水，包塊多為囊性，活動受限易誤診為卵巢癌。