不耐受通常指IgG介導的Ⅲ型變態反應，而過敏通常指IgE介導的Ⅰ型變態反應，其常見區別有以下幾點：

1、發病率和發病時間：不耐受的發病率大概有50%，而過敏的發病率在1.5%左右。而且過敏比不耐受的發病更為迅速，過敏通常在進食敏感食物後2小時內發病，而不耐受通常是在2-24小時後出現反應；

2、發病人群：不耐受可發生在各個年齡段的人群，但過敏更容易發生於兒童，而成人相對偏少；

3、臨床表現：不耐受有各種慢性症狀，人體各組織器官都可能受累，表現為慢性腹瀉、皮疹、慢性咳嗽、關節炎、胸痛、疲勞等，同時由於起病隱匿、涉及食物較多，而且通常是喜歡吃的食物，因此患者難以自我發現不耐受食物。而過敏主要表現為急性，典型的過敏症狀主要影響皮膚、呼吸道和消化系統，例如急性腹瀉、急性咳嗽、嘔吐等，因為發作迅速、涉及食物較少，而且通常是不經常吃的食物，所以患者容易自我發現敏感食物；

4、檢測手段：不耐受主要是通過IgG抗體進行檢測，過敏是通過IgE抗體，及皮膚試驗進行檢測；

5、治療：不耐受患者應忌食不耐受食物，通常6個月後症狀多數可以消除。而過敏患者需要免疫治療和對症治療，且由於無法根除，因此可能會有長期過敏現象。