腦炎經過初期、極期，就進入恢復期，此時患者體溫逐漸下降，神經系統症狀逐漸好轉，神經系統病理徵逐漸消失，一般病人於1-2月內完全恢復正常，但重型患者需要1-6月才能恢復，在這6個月內可能出現持續低熱、多汗、失眠、乏力、肢體癱瘓、肢體痙攣性屈曲、失語、流涎、痴呆、吞嚥困難、肢體不自主抖動、癲癇發作等。

經過積極治療，大多數都能恢復，如果6個月後仍有上述情況症狀，就屬於腦炎後遺症。