如果出現腸梗阻，多數患者可以通過腸鏡進行檢查並明確原因。腸梗阻包括小腸梗阻和結腸梗阻，通常做腸鏡檢查前應儘量進行腸道準備。但對於腸梗阻，通過保守治療仍達不到腸道準備條件，如果梗阻位置相對較低，也可以嘗試進行腸鏡檢查，瞭解梗阻部位及原因。

腸鏡可能無法瞭解部分腸梗阻的情況，因為可能達不到腸道準備條件。對於此類患者，如果通過保守治療無效，甚至要進行剖腹探查或腹腔鏡的腹腔探查。對於小腸梗阻，可以通過小腸鏡或小腸造影瞭解小腸的梗阻部位和病變情況，但也有部分不能進行小腸鏡檢查，甚至也不能通過膠囊鏡進行檢查。