切口疝主要是因為先天性或者病理、生理性原因，造成腹壁組織未愈或者缺損，形成腹壁裂開狀態。所以發病原因可能是先天因素，部分患者肚臍周圍先天存在較薄弱的區域，而後天發育過程中，筋膜組織癒合不佳，甚至因為肥胖等多種原因，造成腹壁出現缺損。

以臍疝為例，臍疝是最容易發生的先天性切口疝，小兒哭鬧造成在臍孔周圍出現缺損，或者後天發育過程中一直沒有癒合，會出現臍疝。病理原因最主要的是手術因素，手術後切口感染、切口縫合後未愈，可出現切口裂開，隨著時間延長會形成切口疝。婦女生育過程中會造成筋膜、肌肉組織裂開，也是切口疝的一種類型。