巧克力囊腫腹腔鏡手術屬於臨床治療子宮內膜異位囊腫的手術方式，危害通常指手術併發症。如果做腹腔鏡手術，常規併發症有出血、感染、麻醉意外、傷口癒合不良等。

巧克力囊腫在形成過程中有粘連，周圍臟器損傷幾率較高，巧克力囊腫長在卵巢比較多見，因為出血，容易形成陳舊性積血，周圍產生包裹。包裹可能會粘連在子宮後，粘連在側腹壁、輸卵管或者其它部位，做手術時需要分離粘連。如果粘連在輸尿管上，可能會損傷輸尿管，粘連直腸，可能會損傷直腸。除外粘連後，還可能出現出血、復發、卵巢功能下降等。