吡喹酮服用後常見副作用，多數是抗生素常見副作用，即頭暈、頭痛、乏力、腹痛、腹瀉，個別嚴重患者可能出現胸悶、心悸等表現，極個別患者可能出現肝功能改變。

目前發現其安全性較好，部分患者有明顯胃腸道症狀。有基礎疾病的患者，如心臟病或年老體弱，服藥期間需住院觀察，避免出現明顯不適需要進行治療。99%以上的患者經正規抗蟲治療可達到驅蟲成功的目的。