肝門膽管癌目前的治療只能根據患者出現的症狀，給予對症處理，以減輕患者的痛苦。此外，也可嘗試進行化療、靶向治療和免疫治療，部分患者可以取得一定的效果。但總體而言，患者的預後和治療效果均不理想。 

肝門膽管癌的位置比較特殊，其位於肝門，所以常會出現肝門區的膽管癌，通常膽管癌的手術治療效果不理想。由於膽管癌對內科治療、放射治療的效果均不理想，因此患者的預後較差。