原發性肝內膽管細胞癌常見的鑑別主要如下：

1、跟原發的肝內肝細胞肝癌鑑別，原發性肝細胞肝癌患者都有不同程度的肝硬化背景，患者往往因為乙肝導致的肝硬化、酒精肝，或者不明原因導致的肝硬化。在這種背景上出現肝臟腫瘤，而且腫瘤的影像學特點，如在CT或磁共振上在動脈期強化明顯，隨著時間的延續造影劑快速消除，這種情況稱為原發性肝細胞肝癌；膽管細胞癌患者基本沒有肝硬化，往往都是正常肝臟，而且患者也沒有各種肝炎導致的肝硬化疾病；

2、良性病變，如肝膿腫，有時原發性肝膽管細胞癌和肝膿腫需要進行鑑別，但是肝膿腫患者往往會伴有較嚴重的高燒，有時患者有膿腔，在影像學檢查時可見膿腔。