新生兒腦積水是腦脊液生成過多或循環吸收障礙而致腦脊液在腦室系統或蛛網膜下腔內淤積，並不斷增長，壓力增高，腦室擴大即形成腦積水。腦積水形成的原因有：

1、先天畸形，如中腦導水管狹窄、膈膜形成或閉鎖、室間孔閉鎖或畸形、腦血管畸形、脊柱裂、小腦扁桃體下疝等；

2、感染，胎兒宮內感染各種病毒、原蟲、梅毒螺旋體等導致感染性腦膜炎未能及時控制，增生的纖維組織阻塞腦脊液的循環通道，胎兒顱內炎症也可使腦室蛛網膜下腔或蛛網膜間的顆粒粘連；

3、出血，顱內出血後引起纖維組織增生、產後顱內出血吸收不良等；

4、如遺傳、代謝性疾病、圍產期和新生兒時期嚴重的維生素缺乏症等；

5、腫瘤可阻塞腦脊液循環的任何一個部分，多見於第四腦室腫瘤或脈絡叢乳頭狀瘤。