腦積水分流的治療費用取決於治療週期。目前，分流手術有兩種方式，一種是單次分流，另一種則是分期手術。

單次分流手術費用通常在5-6萬元，患者住院時間短，適用於自發性腦積水和經腦脊液淨化治療將腦脊液成分恢復正常的患者；

而分期手術的費用相對較高，主要適用於外傷合併顱內出血、動脈瘤破裂術後、顱內腫瘤術後等腦脊液成分異常的患者。