腦積水的治療通常採取外科手術，手術過程相對簡單，並不是大手術。如果腦積水明顯，患者有頭痛、嘔吐、肌力下降、大小便失禁、精神異常、痴呆等症狀時，需要行外科手術，通常採取腦室腹腔分流術或者第三腦室底部造瘻術。這兩種手術方式都屬於微創手術，手術創傷小，恢復快，不會引起新的併發症。

腦室腹腔分流術僅需要在頭上鑽孔，插入腦室引流管，通過引流管將腦脊液持續引入腹腔內吸收。

第三腦室底部造瘻術只需要在頭上鑽孔，然後將神經內鏡插入第三腦室，在第三腦室底部進行造瘻，使腦積水參與腦脊液的循環，從而緩解腦積水，這兩種手術都不是大手術，屬於中等手術。