乳腺囊腫屬於BI-RADS分類中的2類，小囊腫可以自行吸收，無需處理。比較大的囊腫，即在2cm以上或合併有炎症的複合性囊腫，可採取穿刺抽吸的方法，將囊液吸出。

若囊腫合併有炎症需要全身應用抗生素或局部應用抗生素，也可以較好地控制症狀。如果囊腫壁較厚，抽吸較困難，也可考慮用微創手術的方法，通過微創旋切將囊腫壁和囊液同時吸出，為比較徹底的治療方法。因為囊壁吸出後，去除了囊腫產生的根源，則囊腫再復發的風險較低。

同時可以通過微創旋切系統進行局部沖洗、局部用藥，再配合全身治療，對囊腫有較好的治癒作用。