煙霧病血管搭橋術最嚴重的後遺症包括腦出血、腦梗塞，可能會致殘，甚至致死。雖煙霧病行腦血管搭橋屬於安全有效、較為成熟技術，主要是將顱外血管搭到顱內建立顱外向顱內血供。但後遺症不可以忽略，除嚴重腦內血腫、腦梗塞外可能還存在傷口一期癒合、傷口感染、顱內感染、皮瓣下積液等情況。

患者出現腦梗塞、腦出血等嚴重併發症，可能臥床不起，還可以帶來後遺症，如下肢靜脈血栓、心肺功能障礙等。總之煙霧病行腦血管搭橋雖然是安全成熟手段，但少數患者會出現嚴重後遺症。故患者需要與醫生進行仔細溝通，術前選擇合適病例，術中仔細操作，圍手術期嚴格處理，儘可能減少後遺症出現。