小兒煙霧病手術為開顱手術，具備常規手術風險，表現為出血、感染、腦脊液漏、皮瓣壞死、不癒合等特點。小兒煙霧病存在特有的術後併發症，由於存在腦梗或缺血缺氧頻繁發作，腦血流處於供不應求的狀態，且術前進食、情緒激動、恐懼等，以及手術對大腦皮層與腦血管的侵襲、手術不適引起的哭鬧等因素均可加重缺血缺氧症狀。約8%的早期小兒煙霧病患者術後引起缺血缺氧；經治療後約4%的患兒可遺留各種併發症。