對於心臟植物神經功能紊亂，通常在確診後可以通過服用調節植物神經功能的藥物、中藥、營養心肌的藥物能夠自行緩解。穩定神經的藥物有維生素B族，例如維生素B1、維生素B、維生素B12，其中還可服用褪黑素維生素B6，這種藥物有穩定神經功能、鎮靜安神的作用效果。

嚴重的心臟植物神經功能紊亂，還可以服用阿司唑侖片等藥物進行調節。還可服用一定的中藥營養神經，如果患者出現了明顯的心律失常，可以服用中藥穩心顆粒，如果出現心肌缺血的合併症時，可以服用複方丹參滴丸、通心絡膠囊、養心氏膠囊、芪參益氣滴丸等等，這些藥物也有緩解心臟植物神經功能紊亂的作用效果。