新生兒腦積水原因較多，主要包括以下幾點：

1、大部分與兒童在母親體內時出現疾病相關，如兒童在母親體內時曾經出現過顱內出血，或因為外傷或產傷導致在生產過程中顱內出血；

2、部分兒童是因為維生素缺乏，尤其維生素K1缺乏，此類兒童出生時需注射維生素K1，避免之後繼發顱內出血，導致腦積水發生；

3、部分腦積水發生是由於兒童在母親體內時發生過感染，包括常見病毒感染、細菌或支原體、衣原體感染；

4、部分新生兒腦積水是由於基因突變或有遺傳性疾病，在母體內時即可查出，四維彩超、磁共振檢查可發現兒童腦室擴大。此類腦積水常伴有基因缺陷，會引起較嚴重的神經功能障礙，需要早期進行治療或在產前進行基因篩查，如羊水穿刺檢查，儘早排除基因遺傳疾病導致的神經系統功能障礙。