新生兒腦積水由於前囟張力較大，囟門沒有完全閉合，可通過超聲進行早期診斷，且超聲有無創特點。對於腦積水幅度與腦積水腦室擴張程度而言，新生兒B超可進行輔助性診斷。從臨床治療角度而言，需要後期通過CT或核磁進行定性、定量評估。因CT、核磁中會對腦室擴張程度進行更精準判斷，包括腦室周圍戴帽徵進行客觀評價，有利於患兒後期進行綜合性治療。

此外，CT及核磁檢查還可明確新生兒腦積水屬於梗阻性或吸收性。若為吸收性腦積水，通常是由於顱內出血、腦炎等先天性疾病所造成，患兒需進行腦室腹腔分流。梗阻性腦積水需通過核磁導水管重建，才能看出是否有導水管梗阻，通常需進行造瘻實現治療目的。