腦積水治療，主要需根據病因，選用合適的手術方式治療，藥物是輔助方法。輕度腦積水患者，術前可使用乙酰唑胺，有改善腦脊液循環和腦積水的作用，但長期服用時應注意避免引起酸中毒。另外可使用脫水劑，如甘露醇，可脫水改善腦積水，也包括甘油果糖、利尿劑，利尿劑有速尿和保鉀利尿劑，也可改善腦積水。

但通常腦積水需查明原因，若因外傷或腦出血引起梗阻性腦積水，需通過腦室外引流或腦室內引流，改善腦積水症狀，並配合藥物輔助治療。若為病毒感染或代謝性因素，腫瘤因素造成非交通性腦積水，還需積極治療原發疾病及抗感染治療，針對腫瘤治療改善腦積水症狀，可用藥物脫水改善腦積水症狀。