生下來沒有腦積水的寶寶後來可能會得腦積水，會由多方面原因引起。大部分腦積水是獲得性病變，有些寶寶腦內出血，尤其是新生兒期室管膜下出血，是引起腦積水的首位原因。兒童免疫系統較差，血腦屏障發育也較差，因此得腦炎的概率相對比成人要高，感染也會引起腦積水。

此外，還有一種原因是腫瘤。兒童實體瘤中腦腫瘤佔第一位，而且腦腫瘤大部分長在中線部位，會引起梗阻，將腦子裡的水堵在腦室內。所以出血、感染、腫瘤均是引起腦積水的高危因素，通過手術等治療，整體效果較好。