嬰兒腦積水最好的治療方法是手術。靜止性腦積水不需要干預，但進展性梗阻性的腦積水必須進行手術治療。手術分為兩種方式，一種是分流手術，即將腦脊液分到其他地方。最常見的分流，一個是通過一根導管將腦內的水引到腹腔，這類手術效果較好，不同年齡均可使用。

另一個是第三腦室底造瘻，這部分患兒中腦導水管堵牢，在第三腦室底打個洞做造瘻，效果也好。但不是每個患兒均適用，2歲以下患兒的總體治癒率可能不到50%，所以小嬰兒常採取的方法是進行腦室腹腔分流術，建議大齡或比較明確的梗阻性腦積水，尤其是中腦導水管梗阻的患兒採取三腦室底造瘻的方法，無需終身置管。