寶寶腦積水可以治癒，分為多種類型，一部分是靜止性腦積水，不需要用外科手術的方法干預，只要臨床觀察；有發育落後的表現對症治療即可，效果較好。

另一部分可能會不斷進展，腦積水梗阻之後水越積越多，患兒需要手術介入。有兩種治療方法，大齡兒童可以進行第三腦室底造瘻，將堵牢的導水管前方打個洞，使水從前方走。這種方法適用於2歲以上的患兒，因為下游的吸收功能已經發育完全。對於2歲以內，尤其是1週歲以內的小嬰兒，要進行分流，將腦內的水引到其他地方，包括心房、腹腔，最常見的是腦室腹腔分流。因為1歲以下的患兒，吸收腦脊液的部位發育不完善。總體而言，手術治療的效果較好。