50年前嬰兒期發生的急性梗阻性腦積水為致命性疾病，1歲之內死亡率可達50%，10歲之內死亡率可達75%。現在可進行腦室腹腔引流，有效降低死亡率。目前15歲之內的死亡率只有50%，但是在這活著的50%的患者當中，可能有15%的患者合併有智力低下，所以腦積水預後還是要根據原發病的情況判斷。

通常新生兒發病的腦積水與結構異常或在宮內的損傷、出生時的損傷有關，容易導致智力低下、運動障礙。成人腦積水多與外因相關，如進行有效病因學治療，控制腫瘤感染、免疫的因素，可以得到較好預後。對成人放置腦室腹腔引流，成功率可以達到60%-80%，但也會有相應併發症。一年之內的失敗率大概在25%-40%，壽命一般在5年左右。