目前治療腦積水最主要手術方式是腦室-腹腔分流術，以前還有人從椎管採用分流術直接將積水分流到腹腔，但這種手術現在做得非常少。

腦積水手術方式也會帶來併發症，因為是侵入性手術，可以引起顱內感染，甚至感染後可能造成腦積水引流管堵塞。由於是侵入性手術，可導致出血等併發症，感染或出血以後有可能會導致滯留管需要拔出，有可能腦積水要重新進行手術。