寶寶顱內出血多數情況下會留有後遺症，若為輕微顱內出血，比如新生兒剛剛出來時，室管膜下有少量出血，這種情況可慢慢吸收。新生兒期由於維生素K缺乏引起蛛網膜下腔出血，也會慢慢吸收，後遺症相對較小。

如果是比較廣泛的出血，或後期由於外傷以後引起比較大的血腫，對於腦局部，甚至全腦功能可能會出現一些影響。以上影響主要包括智力發育、運動功能障礙等，甚至有些患者將來會遺留癲癇後遺症，以上都是寶寶顱內出血後有可能會出現的後遺症。