小兒腦積水首選手術治療。不同類型的腦積水，給予不同的治療方法，包括腦室腹腔分流、腦室膀胱分流、腦室心房分流、三腦室底造瘻。大部分患兒通過腦室腹腔分流，能夠有效緩解腦積水症狀；部分患兒可以通過扎管試驗，最終脫離分流管。腦室鏡下三腦室底造瘻的患兒，如能有效疏通腦脊液循環通路，可免除放置植入物的可能性。部分患兒短期內可通過腦室外引流，埋藏腦室儲液囊，以緩解症狀，待原發症狀緩解後進一步給予其他治療。