腦脊液漏感染是臨床上較為複雜的問題，其癒合比較困難，單純修補再復發的風險比較高，所有的因素均會增加顱內感染的風險。腦脊液漏一旦繼發顱內感染，首要治療的原則主要是充分引流，可以行腰大池引流術或者腦室外引流術，首選腦室外引流術，引起不易堵塞。早期通過腦室引流管局部用藥，可以較好的保護腦室系統，避免因為延誤治療導致感染，累及腦室系統，造成嚴重的室管膜炎，甚至化膿性腦室炎，繼發腦室粘連等較為麻煩的問題。
腦脊液漏繼發感染除治療以外，常規的靜脈保守抗感染治療必不可少，而且抗感染時間一定要長。在腦脊液成分徹底恢復正常之後，即在腦脊液裡查不到細菌，沒有明確的感染跡象以後，靜脈抗感染治療不能立即停止，應該持續抗感染超過半個月以上才可以謹慎的停藥觀察。
在引流加局部用藥、全身抗感染用藥以後，如果感染得到比較好的控制，要考慮如何修補腦脊液漏。如果是開顱術後的腦脊液漏，要打開術區找到漏的部位，仔細的用自體組織進行修補；如果是鞍區腦脊液漏，可以通過鼻腔進行修補；如果是脊柱術後的腦脊液漏，需要徹底打開術區去掉椎骨，在硬脊膜上仔細尋找漏口，同時把感染的異物儘量去除乾淨，防止修補以後，局部感染再次復發。