腎積水的主要原因是泌尿系的通道梗阻，可分為先天性原因和後天性原因。
　　先天性原因導致腎積水包括內在性輸尿管狹窄、節段性無功能、輸尿管扭曲、異位血管壓迫和輸尿管開口過高等情況。內在性輸尿管狹窄常出現在腎盂輸尿管交界處，產生不完全的梗阻情況，形成局部無彈性的狹窄區域，導致尿液蓄積瀦留，形成腎積水。節段性無功能是由於先天發育異常，導致局部輸尿管收縮功能喪失，形成梗阻情況。輸尿管扭曲、粘連、異常結構等導致局部梗阻、尿液瀦留。異位血管壓迫會有異位的血管壓迫輸尿管，導致瀦留情況。輸尿管開口過高也可能導致局部張力增大，形成尿液瀦留。
　　後天性原因導致腎積水的原因包括炎症刺激、腎盂輸尿管交界梗阻、外傷因素等。長期慢性炎症刺激，可能導致輸尿管內部形成疤痕組織，導致收縮功能異常，出現梗阻的情況。腎盂輸尿管交界處如果有結石梗阻、腫瘤、新生物等組織，也會壓迫導致梗阻情況出現。如果有輸尿管的損傷，在修復過程中，會有疤痕組織形成，也會影響輸尿管的收縮功能，導致功能異常出現積水的情況。