脊膜膨出術後的後遺症主要是和神經功能損傷以及腦脊液漏相關，脊膜膨出術後的主要後遺症為以下幾種：

1、神經功能損傷：對於比較嚴重的脊膜膨出，脊神經通常會和周圍的硬脊膜粘連得較緊密，且正常的神經常常會變得比較纖細，導致神經功能本身會受到一定影響，此時在分離的過程中，可能會造成一定的神經功能損傷。術後患者可能會出現神經損傷相關的症狀，比如大小便功能障礙，嚴重時可能出現二便失禁，甚至導致下肢的運動和感覺功能出現障礙，嚴重時候可能出現截癱以及肌肉萎縮等一系列的後遺症；

2、腦脊液漏：部分患者由於脊膜膨出部位缺損範圍較大，手術時將缺損的部位進行縫合，但是有一定的張力，導致局部癒合不良，可能會造成腦脊液外漏。在臨床上稱為腦脊液漏，如果腦脊液逆行造成感染，就會導致神經系統出現感染。