腎囊腫的位置和大小和是否手術相關。如果在腎盂出口旁對腎盂輸尿管連接部有壓迫建議儘早手術。如果是外向生長，一般是直徑大於4cm的時候才需要進行手術治療。

如果囊腫直徑小於4cm是不需要處理的；如果囊腫大於4cm，增大以後會壓迫腎實質，造成腎功能的損害或者出現一些臨床的症狀，常見的臨床症狀是腰痛、高血壓、感染，這時候就需要進行手術治療了。

手術有兩種手術的方法，一種就是超聲引導穿刺但容易復發。另一種是現在比較常用的經腹腹腔鏡，是囊腫的去頂減壓術，來治療比較大、有症狀的腎囊腫。