腦幹和脊索是兩個不同的部位，脊索瘤是生長於脊索部位的腫瘤，屬於先天性疾病，可導致顱骨破壞，脊索位於腦幹外側，而腦幹腫瘤是指生長於腦幹內或腦幹周圍的腫瘤，多是後天形成，危險性較高。脊索瘤和腦幹腫瘤均可通過手術治療，而兩個不同部位的腫瘤，性質不同，手術方式及預後不同，而腦幹及其周圍腫瘤，不論良性、惡性，手術風險極高，預後極差。