舌咽神經分佈區域內主要在咽喉深部、耳道深部，出現舌咽神經痛時鑑別診斷如下

1、因為在舌前部、口腔內外都有三叉神經分佈，所以需要鑑別；

2、耳道深部還有其它神經，如中間神經，所以要與中間神經痛鑑別；

3、舌咽神經痛可因咽喉部腫瘤性因素引起，腫瘤刺激舌咽神經，如莖突過長、骨性刺激舌咽神經可導致舌咽神經痛，需要與原發性舌咽神經痛進行鑑別。

患者鑑別不同的病因以後，治療方法完全不同。