舌咽神經痛的輔助檢查主要是影像學檢查，主要檢查目的是尋找病因，看患者有無腫瘤性因素壓迫或刺激舌咽神經情況。患者可以做顱底影像學X線片或顱底CT重建檢查，觀察舌咽神經通路上有沒有骨性刺激會影響到舌咽神經。

舌咽神經痛還要由有經驗的醫生根據臨床症狀進行診斷，舌咽神經痛位置是咽喉深部，特點是驟發驟停，可出現刀割樣、針扎樣、火燒感等非常劇烈的疼痛，疼痛性質與三叉神經痛非常相像，只是部位不同。