對於顱骨缺損直徑＞3cm的患者，如果病情穩定，建議早期行顱骨修補。如病情穩定，建議三個月時行手術，效果明顯。手術較為簡單，方法為將原來的切口再次打開，將術前塑形好的鈦板或其它顱骨成形材料覆蓋於缺損部位，固定後縫合頭皮，完成一臺手術平均時間大約為兩個小時。

顱骨缺損在臨床上早期是為了治療而進行顱骨去除手術，比如顱內出血、顱內血腫、顱腦外傷。早期為挽救生命，進行顱內減壓，將顱骨去除以達到去骨瓣減壓的治療目的。後期隨著患者病情穩定以後，顱骨缺損部位隨著大氣壓波動，對於顱腦功能有相應影響，甚至對血流、腦灌注、患者心理及外觀均有影響。