多數腎積水患者無明顯症狀，年齡較大的患者可能會存在輕微腰部痠痛症狀。多數是父母或患者自己偶然間發現腹部包塊才會注意，可無疼痛表現，僅有囊性感，也可感覺患病部位有輕微疼痛感。

此外，若有異位血管壓迫腎臟，可導致腎絞痛，疼痛劇烈且疼痛感向尿道部位放射。若發生巨大腎積水，可在檢查過程中觸摸到增大的腎臟，由於尿液長時間無法排出，導致細菌入侵腎臟，可造成腎臟併發感染。而雙腎巨大積水的患者還會因此出現體內酸鹼失衡、腎功能衰竭、尿毒症等。小兒腎積水多數在胎兒期即可發現，出生後複查B超。若積水未有效緩解，達到手術指徵，則可採用手術方法及時干預，預後通常較好。