小兒腎積水手術比例較低，80%腎積水患兒可以觀察，只有20%的患兒需手術進行干預。確認需要手術時，需完善的檢查包括超聲、磁共振、CT和增強CT檢查，以判定腎積水的嚴重程度。

手術方式通常包括微創手術和開放手術，開放手術是在腹部開一個2cm左右的小切口，微創手術是在腹部打3個孔，通過腹腔鏡進行操作。手術都是將腎盂輸尿管交接處狹窄切除，做腎盂輸尿管再吻合。有時也可放入支架管做內引流，但內引流的效果通常沒有切除再吻合的效果好。