腎積水病因較複雜，但大多數是先天性因素引起，常見病因可以分為以下幾點：

1、腎盂輸尿管交界處梗阻：最為常見，屬於管腔狹窄，導致尿液從腎盂向輸尿管引流不暢，甚至完全不能引流。此外還包括交界處瓣膜、息肉、摺疊以及外來血管、腫瘤等壓迫所致的梗阻；

2、輸尿管膀胱交界處梗阻：輸尿管向膀胱引流受阻，常見於輸尿管膀胱交界處狹窄；

3、輸尿管末端囊腫；

4、異位輸尿管：即輸尿管開口不在正常膀胱位置，在膀胱內其它位置或尿道，甚至在外陰；

5、神經源性膀胱：是一種神經功能性疾病；

6、原發性膀胱輸尿管反流：即膀胱內尿液逆流到輸尿管，容易引起尿路感染；

7、後尿道瓣膜：往往可引起雙側腎積水。