新生兒房間隔缺損手術的費用在不同級別的醫院，不同城市水平的醫院，不同性質的醫院，價格不一樣。

對於不同的醫保類型所花的最終費用也是不一樣的，對於不同的病情嚴重程度，新生兒房間隔缺損的手術費用也是不同的。

一般來說，單純的房間隔缺損只需要行介入手術治療，費用在20000元左右，如果嬰兒的一般情況欠佳，在術前或者術後需要給予藥物治療，可能還需要加5000-10000元。對於有併發症，不是單純的房間隔缺損的嬰兒，如果行開胸手術，手術費用會貴一點，在60000元左右，另外還需要加上術前和術後的藥物的費用。