反流性食管炎診斷最準確的方法是進行胃鏡檢查，胃鏡可以非常直觀的對食管進行觀察，觀察到是否有炎症，同時還可以對食管進行內鏡下的洛杉磯分型，可以把它分成A、B、C、D，A、B是比較輕的分型，C和D是比較重的一型，這是內鏡最準確的方法。

因為內鏡檢查同時還可以排除巴瑞特食管或者食管癌，食管癌症狀有可能和反流性食管炎有互相混淆的症狀，但是這兩個疾病，尤其是食管癌惡性度比較高，如果不及時發現和治療可能會出現癌症的不良反應。當然除了內鏡下檢查之外，還可以進行一些症狀的輔助判斷，病人有明顯的反流、燒心、打嗝、胸骨後不適、胸骨後疼痛甚至吞嚥不暢，這些症狀也可以輔助進行食管炎的診斷。但臨床中診斷反流性食管炎，最準確的方法是進行胃鏡檢查。