反流性食管炎的治療，不要求長期吃藥。反流性食管炎主要是治癒食管炎，也就是將食道黏膜的損傷修復。會引起食道黏膜損傷的，一個是胃酸的刺激，一個是胃內食物對食道黏膜的刺激，另外就是食管括約肌壓力的鬆弛。

在反流性食道炎的用藥方面，首先要用一些抑酸藥抑制胃酸的過多分泌，減少酸對食道黏膜的刺激。對已形成的糜爛性的食道炎，要用黏膜的保護劑，對食道黏膜進行保護，防止酸和胃十二指腸的內容物對黏膜損傷。除此之外，還要用一些動力的藥物，加速食管和胃的排空功能，以減少它們對食道黏膜的損傷。常規治療是用PPI加動力劑，一般治療4-8周，反流性食道炎的黏膜損傷就會完全癒合。之後如果患者還有反流、燒心等胃食管反流的症狀，可能就要像非糜爛性胃食管反流病一樣，進行按需用藥。