反流性食管炎治療用藥主要是減輕反流和減少胃黏膜的刺激，減輕胃反流主要應用促進食管和胃排空的藥物，臨床上常用的包括胃復安、多潘立酮、西沙比利等，這類藥物能夠促進食管、胃的排空，從而減輕胃食管反流。

降低胃酸的藥物主要包括中和胃酸和抑制胃酸分泌兩方面，其中中和胃酸的藥物包括氫氧化鋁凝膠、氧化酶等，從而減少酸性胃內容物對食管黏膜的損傷。抑制胃酸分泌的藥物有法莫替丁、甲氰米胍及質子泵抑制劑，比如奧美拉唑、泮托拉唑、蘭索拉唑等。