懷孕2個月胚胎停育是不可以進行藥物流產的，藥物流產適用於停經49天內的妊娠，而且是新鮮的胚胎組織，在服藥後可以利於宮腔的妊娠組織及時的排出，但是胚胎停育後的妊娠囊可能與宮腔粘連比較緻密，在服藥後可能會存在藥物流產失敗，或者宮腔殘留的可能。如果胚胎停止發育的時間比較長，可能還會對凝血功能造成一定的影響，在服藥後可能會出現陰道出血量多，出血時間長，造成失血性貧血。

對於懷孕2個月的胚胎停孕，最好的方法還是採取超導監測下的人工流產手術，可以一次性的將宮腔的妊娠組織清除，對女性的身體傷害比較小一些。