腹瀉自然病程超過2個月以上稱為慢性腹瀉，其中並不包括急性腹瀉反覆發作。臨床上部分病人主訴慢性腹瀉，仔細分析可以發現該病人最近2個月出現4-5次腹瀉，每次腹瀉時間為3-5天。3-5天后，在2次腹瀉間期是正常排便，此種情況並不定義為慢性腹瀉。

當病人主訴腹瀉時，應確定是否為腹瀉。部分病人可能大便排出次數增多，每天排便次數＞3次，持續2個月以上，達到腹瀉診斷次數標準。但其大便成型，沒有水洩便、糊狀便等，此種情況也不定義為慢性腹瀉。若病人發現近期排便次數增多，每天4-5次，每次均是成型大便。應仔細觀察其他性狀如粗細、是否便血等，若出現相關症狀應通過門診和入院檢查，明確相關疾病。