腎結核的診斷主要根據臨床表現、影像學檢查，以及結核桿菌的塗片或者培養。一般有症狀，如果在尿裡找到結核桿菌，就可以診斷是腎結核。影像學檢查可以觀察結核的破壞情況，比如對於腎臟的影響，結核桿菌對於腎臟有破壞作用，會破壞腎臟的實質，導致膿腫形成，甚至會引起局部壞死，引起乾酪樣壞死，壞死物質可能會堵塞輸尿管導致腎積水、積膿甚至鈣化。另外腎結核還會隨著尿液播散到輸尿管、膀胱、尿道甚至生殖系統，具體如下：

1、輸尿管：輸尿管結核，造成輸尿管的狹窄、僵硬，輸液管反流引起腎積水；

2、膀胱：膀胱結核，比如膀胱潰瘍，導致嚴重的尿頻、尿急、膀胱攣縮、膀胱的儲尿功能減少；

3、生殖系統：引起前列腺結核、精囊結核導致精液量減少，附睪結核導致出口的增大、梗阻，甚至年輕人會出現梗阻性無精子症。