新生兒房間隔缺損可能自愈，但與缺損部位以及大小有關。缺損面積小的新生兒，在1歲以內可能自愈，如中央型房間隔缺損在5mm以下時沒有明顯影響，可密切隨訪並觀察缺損大小的變化，3個月左右做一次心臟彩超，觀察缺損有無自愈可能。

超過1歲未癒合者，則自愈可能性較小，應考慮在2-6歲間進行介入或微創手術修補治療，此時併發症少、風險較低，不會影響日常生活。手術前應定期到專科醫院行心臟彩超檢查，有利於瞭解病情發展情況。如果房間隔缺損較大如1cm以上，幾乎沒有自愈可能性，若導致患者生長發育及心臟功能受損，應儘早手術治療，最佳手術時間在2歲以內。